惊魂鬼校2作为蛋仔派对中的经典恐怖解谜地图，除了主线剧情外还设计了多个隐藏关卡。这些隐藏关卡通常需要触发特定机关或收集关键道具才能进入，部分隐藏区域甚至包含独立剧情和特殊奖励。隐藏关卡的触发条件往往与场景中的可交互物品相关，例如黑板上的密码、教室抽屉内的钥匙或厕所隔间的机关按钮。玩家需保持高度观察力，留意环境中任何异常细节。
隐藏关卡主要分布在教学楼三层区域，包括被锁闭的生物实验室、顶楼钟楼以及地下室档案室。生物实验室需要集齐三枚不同颜色的化学试剂瓶，这些试剂瓶分别放置在初一二班讲台下方、初三二班黑板柜内以及女厕所第三个隔间。顶楼钟楼的入口在办公室书架后方，需用钥匙开启暗门，该钥匙可通过完成数学教室的黑板谜题获得。地下室档案室则要求玩家先破解校长室保险箱密码，密码线索藏在图书馆的书籍排列顺序中。
隐藏关卡的解谜难度普遍高于主线，例如生物实验室需要按照正确顺序混合试剂，错误操作会导致关卡重置。钟楼关卡需在限定时间内敲击对应音符的钟摆，音符组合记录在音乐教室的乐谱上。档案室则设有灯光谜题，玩家需调整电路板使所有灯泡同时亮起。这些机关设计考验玩家的逻辑思维和操作精度，建议优先收集场景中的提示纸条或录音线索。
完成隐藏关卡能获得特殊成就和限定外观奖励。生物实验室通关奖励为荧光绿药剂皮肤，钟楼解锁复古钟表背饰，档案室则产出绝版校长手册手持道具。这些奖励无法通过其他途径获取，且部分道具具备场景互动功能，例如校长手册可解锁后续版本中的新剧情。隐藏关卡进度会自动保存，玩家中途退出后可从检查点继续挑战。
该地图存在两个终极隐藏关卡，需要先完成所有基础隐藏关卡才能激活。终极关卡包含更复杂的多阶段解谜和追逐战，最终BOSS战需运用此前收集的全部道具。由于涉及剧透不便详述具体流程，但可以确认终极关卡奖励包含动态称号和专属动作。玩家若遇到卡关情况，可观察场景中闪烁的红色物品或异常音效提示，这些往往是破局关键。
